蛋白质组学是针对特定生理状态下细胞或者组织中蛋白质数量及种类的研究。目前蛋白质组学的核心研究方法是基于凝胶电泳以及高效液相色谱（HPLC）分离技术以及质谱分析方法。Mascot软件工具是针对质谱数据，利于分子序列数据检索的方法来鉴定样本中蛋白质的组成以及翻译

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