TMT同位素标记定量技术
该技术采用2种、6种或10种同位素的标签，特异性标记多肽的氨基基团，经过串联质谱LC-MS/MS分析，可同时比较2组，6组或最多10组不同样品中蛋白质的相对含量。
Shotgun（鸟枪法）蛋白质混合物鉴定
Shotgun（鸟抢法）蛋白质混合物鉴定的基本原理是蛋白质溶液或经过SDS-PAGE分离的蛋白质条带经过酶解后形成肽段混合物，肽段混合物经过一维液相色谱或二维液相色谱分离，串联质谱检测，然后通过在相应的数据库中检索，从而鉴定蛋白质
Label-Free蛋白质相对定量分析
Label-Free是近年来重要的质谱定量方法，通过比较质谱分析次数或质谱峰强度，分析不同来源样品蛋白的数量变化。该技术无需昂贵的同位素标签做内标，提高了低丰度蛋白质的检测效率和蛋白质定量的准确性。